Génome humain : pas encore complètement décodé

Représentation des 22 chromosomes humains et du chromosome X (agrandi à droite). Les barres bleues et orange représentent les séquences continues obtenues par le séquençage par nanopores. © Miga et al., Nature 2020

En 2003, Human Genome Project annonçait le séquençage complet du génome humain avec plus de deux ans d'avance sur les prévisions initiales. Mais la majorité des médias s'étaient contentés de relayer l'information sans trop approfondir, ni comprendre d'ailleurs, et pour la majorité des gens, c'était donc finalisé. Mais c'était en partie faux : Si cette cartographie couvre 99 % des trois milliards de bases ADN du génome, il reste de nombreux trous et séquences manquantes sur les différents chromosomes. Car le génome n'a pas été séquencé en une seule fois : c'est une sorte de gigantesque puzzle reconstruit à partir de séquences d'ADN mises bout à bout, ce qui entraîne des discontinuités et des répétitions. Certaines zones contiennent ainsi de nombreuses séquences redondantes, ce qui rend particulièrement difficile la reconstruction. Imaginez un puzzle avec un grand ciel bleu où l'on n'aurait aucun indice sur la forme et l'emplacement des pièces qui le composent. Et plus les séquences sont petites, plus le casse-tête est compliqué. Ces répétitions sont particulièrement abondantes dans la zone centrale du chromosome, là où les télomères se croisent, car l'ADN y est très enchevêtré. Ce n'est pas parce que le séquençage a été finalisé que le décodage l'est...

Cette semaine, une équipe du Genomics Institute de l'université de Californie à Santa Cruz a semble-t-il réussi à surmonter ces obstacles et vient d'annoncer le séquençage complet d'un chromosome, à savoir le chromosome sexuel X. Les chercheurs, dont les résultats sont publiés dans la revue Nature, ont pour cela eu recours au séquenceur MinION fabriqué par Oxford Nanopore Technologies qui utilise le séquençage par nanopores. Cette technique consiste à appliquer un courant électrique à une membrane perforée de milliers de trous d'environ un nanomètre de diamètre. En traversant ces nanopores, les bases azotées de l'ADN produisent chacune une variation différente du courant, ce qui permet de les identifier. Il est ainsi possible de retranscrire des séquences bien plus longues mesurant des centaines de milliers de paires de bases. « Nous pouvons ainsi couvrir entièrement des régions répétitives jusqu'ici considérées comme insolubles », atteste Karen Miga, l'auteure principale de l'étude.

Il demeurait cependant de multiples ruptures dans le génome que les chercheurs ont dû corriger manuellement, en s'appuyant sur les variantes dans les séquences répétitives pour servir de marqueurs, utilisés ensuite pour aligner et relier les séquences entre elles. « Nous avons utilisé un processus itératif sur trois plateformes différentes pour ajuster le séquençage et atteindre un haut niveau de précision », indique Karen Miga. Au total, l'équipe a réussi à compléter les 29 trous présents sur le chromosome X dans la base de données du génome de référence de 2003.

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UK : Nouvelles découvertes à Stonehenge, tunnel repoussé

Des points jaunes marquent l'emplacement des trouvailles, avec les murs de Durrington marqués comme le grand cercle brun et Stonehenge en haut à gauche. - UNIVERSITÉ DE ST ANDREWS / PA WIRE

Un anneau de grands puits découverts près de Stonehenge forme le plus grand monument préhistorique jamais découvert en Grande-Bretagne, selon les archéologues. 

Ces puits forment un cercle de plus de deux kilomètres de diamètre qui entoure une zone de plus de trois kilomètres carrés autour du Durrington Walls henge, l'un des plus grands monuments de henge de Grande-Bretagne, et le célèbre petit cercle préhistorique de Woodhenge.

Le carottage des puits a fourni des dates au radiocarbone suggérant que ces caractéristiques sont néolithiques et ont été creusés il y a plus de 4 500 ans, à l'époque de la construction des murs de Durrington.

Les experts pensent que les 20 puits ou plus ont pu servir de limite à une zone sacrée reliée au henge. " La taille des puits et du circuit est sans précédent au Royaume-Uni ", a déclaré le professeur Vince Gaffney, chercheur principal. YH : j'ai parlé des frères Gaffney déjà en 2014, lors de leur première approche d'étudier le sous-sol de Stonehenge avec des technologies modernes, voir l'article tout en bas de celui-ci...

Le cercle de 1,2 mile de large (2 km) de grands puits mesurant plus de 10 m (30 pieds) de diamètre et 5 m (15 pieds) de profondeur est considérablement plus grand que tout monument préhistorique comparable en Grande-Bretagne.

Une équipe d'universitaires des universités de St Andrews, Birmingham, Warwick, Bradford, Glasgow et l'Université du Pays de Galles Trinity Saint David a travaillé sur le projet.

Les fosses entourent l'ancienne colonie de Durrington Walls, à trois kilomètres de Stonehenge, et ont été découvertes à l'aide de la technologie de télédétection et d'échantillonnage.

UNIVERSITÉ DE ST ANDREWS / PA WIRE

Le professeur Gaffney, de l'Université de Bradford, a déclaré que la découverte démontrait " la capacité et le désir des communautés néolithiques d'enregistrer leurs systèmes de croyances cosmologiques d'une manière et à une échelle que nous n'avions jamais prévues auparavant ".

" La zone autour de Stonehenge fait partie des paysages archéologiques les plus étudiés au monde ", a-t-il ajouté. " Il est remarquable que l'application de nouvelles technologies puisse encore conduire à la découverte d'une structure préhistorique aussi massive."

Cette découverte, annoncée fin juin 2020 vient d'être suivie ce 16 juillet 2020 par une décision du gouvernement britannique de repousser de plusieurs mois la mise en oeuvre d'un grand tunnel automobile à proximité de Stonehenge...

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Egypte : Cléopâtre et Antoine ? Deux momies couvertes d'or découvertes

Deux momies d'individus de haut rang qui vivaient à l'époque de Cléopâtre ont été découvertes à Taposiris Magna, une trouvaille qui est décrite comme «sensationnelle» car elle montre l'importance d'une nécropole qui lui est liée par la dernière fouille.

Bien que la chambre funéraire n'ait pas été perturbée depuis 2000 ans, les momies sont dans un mauvais état de conservation car l'eau s'est infiltrée. Mais des preuves cruciales révèlent qu'elles étaient à l'origine entièrement recouvertes de feuilles d'or, un luxe réservé à ceux des couches supérieures de la société. Il est probable que ces deux individus avaient interagi avec Cléopâtre elle-même, suggèrent les archéologues.

L'ouverture de la première tombe intacte découverte à Taposiris Magna a été assistée par des caméras pour un nouveau documentaire de Channel 5 , The Hunt for Cleopatra's Tomb, qui sera projeté jeudi 16 juillet 2020 à 21 heure.

C'est présenté par le Dr Glenn Godenho, maître de conférences en égyptologie à l'Université de Liverpool, qui a décrit la découverte comme phénoménale.

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Pologne : Découverte et analyse ADN d'un bâton gravé du mésolithique taillé dans du bois de renne

Selon une étude publiée ce mois dans la revue scientifique PLOS ONE par Grzegorz Osipowicz et ses collègues de l'Université polonaise de Nicolaus Copernicus, un bâton percé orné trouvé en Pologne centrale fournirait des preuves d'échanges entre des communautés mésolithiques très éloignées les unes des autres.

Les artefacts et les matières premières peuvent donner un aperçu de la façon dont les communautés préhistoriques échangeaient des cadeaux, et des découvertes, tels par exemple que la pierre transportée pour sa signification technologique, ou des produits en métal ornant des tombes. Récemment, des chercheurs ont trouvé un bâton percé orné d'un bois d'origine inconnue sur le site de Gołębiewo 47 en Pologne centrale.

Mexique, Teotihuacan: des grottes sous la pyramide de la Lune

La pyramide de la Lune, Teotihuacan.

On se souvient des découvertes des tunnels artificiels sous les pyramides du Serpent à Plumes et du Soleil, ce sont maintenant des grottes naturelles qui ont été découvertes sous la pyramide de la Lune. Mais pas n'importe quelles grottes : les grottes natives et sacrées des débuts de l'installation des habitants dans cette région, recouvertes ensuite par un énorme temple, la deuxième pyramide importante de l'antique ville. Ce sont en tout cas les conclusions d'une nouvelle publication de l'équipe du Dr Denisse Argote, qui explique qu'elle a appliqué des relevés ERT et ANT, des techniques géophysiques non invasives qui ont permis d'identifier un vide sous la pyramide de la Lune et certains tunnels d'accès. 

L'impact historique de cette découverte ouvre la discussion sur la signification symbolique de cette pyramide et les origines de l'urbanisme sur le site. Ces grottes, estimées avoir été habitées vers les 7ème au 6ème siècle Avant J.C., pourraient dater de l'époque de l'arrivée des agriculteurs dans la vallée et de leur installation ici même. Qui y auraient développé la ville autour, planifiant ensuite l'Avenue des Morts passant par les pyramides du Soleil et du Serpent à Plumes et arrivant tout droit sur la pyramide de la Lune au Nord. Les grottes sous la pyramide de la Lune représentant le monde sous-terrain où les ancêtres se réfugiaient parfois dans le passé, et dont ils ressortaient toujours.

Mais voyons ce qu'ils en disent :

Australie: études sur un paysage englouti il y a 8500 à 7000 ans

Une nouvelle étude concernant des paysages engloutis entre 8500 et 7000 ans avant le présent, en Australie du Nord-Ouest, révèle deux sites archéologiques avec une présence humaine certaine.

Les sites archéologiques submergés découverts au large de la côte nord-ouest de l'Australie offrent une nouvelle fenêtre sur les migrations, la vie et les cultures des peuples autochtones il y a des milliers d'années, lorsque le plateau continental était au sec.

C'était une époque où environ 20 millions de kilomètres carrés de terres (YH : supplémentaires par rapport à nos jours) étaient exposés à l'air libre au niveau mondial, avant que le dernier glaciaire ne desserre son emprise sur la planète et que la glace fondue ne noie les zones côtières - et de vastes étendues de l'histoire humaine - sous la mer.

Rien qu'en Australie, deux millions de kilomètres carrés ont été inondés, éliminant un tiers du continent.

« Vous parlez d'un paysage culturel immense et vaste habité par des peuples autochtones dans tout le pays ... qui n'est qu'une carte vierge et vide », explique Jonathan Benjamin de l'Université Flinders, auteur principal d'un article publié dans la revue PLoS ONE .

" Donc, si vous cherchez une image complète du passé ancien de l'Australie, vous devez regarder sous l'eau, il n'y a aucun doute."

« C'était un projet à haut risque », explique Benjamin. " Il n'y avait aucune garantie que nous ferions une découverte de cette nature, et nous l'avons fait. "

Son équipe, qui comprenait des collègues de Flinders, de l'Université de l'Australie-Occidentale et de l'Université James Cook, a entrepris de montrer que les anciens sites aborigènes pouvaient être préservés sur le fond marin, s'aventurant dans un territoire inexploré avec des plongeurs, des bateaux, des avions et des technologies de détection sous-marine à distance.

Le projet Deep History of Sea Country, en partenariat avec la Murujuga Aboriginal Corporation, a révélé deux milieux submergés dans le pays de la mer de Murujuga au large de la côte de Pilbara autour de l'archipel Dampier. Un site, à Flying Foam Passage, était estimé à au moins 8500 ans et portait la preuve d'une activité humaine associée à une source d'eau douce à 14 mètres de profondeur.

(ci-dessus) Vue aérienne vers l'ouest du canal du Cap Bruguières à marée haute (Photo: J. Leach); (ci-dessous) des plongeurs enregistrent des artefacts dans le canal (Photos: S. Wright, J. Benjamin et M. Fowler). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233912.g003

L'autre était au Cap Bruguières, avec plus de 260 objets lithiques découverts jusqu'à 2,4 mètres sous le niveau de la mer, datés d'au moins 7000 ans en utilisant le radiocarbone et l'analyse des changements du niveau de la mer ainsi qu'une modélisation prédictive.

Les objets inclus divers outils de transformation des aliments, d'outils de découpage, broyage et meulage, comme une pierre de marteau combinée à une pierre à aiguiser, qui aurait été utilisée pour moudre les graines.

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